自然资源部海岛研究中心是中央编办批准设立的自然资源部直属正局级事业单位，为国家公益一类综合型海岛科学研究与业务支撑机构。主要从事海岛战略规划政策研究与资源生态调查监测评估、自然资源确权登记、生态保护修复及国际合作等业务，承担国家海岛管理数据库、物种种质资源库与海岛科技平台建设工作，为全国海岛保护利用管理提供支撑和保障。

海岛是壮大海洋经济、拓展发展空间的重要依托，是保护海洋环境、维护生态平衡的重要平台，是捍卫国家权益、保障国防安全的战略前沿。海岛地理位置特殊，海岛保护与利用类型多，涉及面广，且国内海岛研究处于起步阶段，亟需一个专门机构为海岛研究工作提供技术支撑。

2011年6月，时任原国家海洋局局长刘赐贵一行到平潭综合实验区调研，提出依托国家海洋局第三海洋研究所在平潭设立海岛中心，建成立足平潭岛、服务海西和全国海岛的综合性海岛科研机构。同年11月，福建省海洋与渔业厅就此项工作进展向福建省委、省政府做专题汇报，时任省委书记孙春兰、副省长倪岳峰分别做出重要批示，要求地方政府协助做好相关工作。

2012年1月4日，时任原国家海洋局副局长陈连增主持对建设海岛中心事项进行专题研究。2月13日，刘赐贵局长在贯彻落实《平潭综合实验区总体发展规划》座谈会上明确表示支持在平潭设立海岛中心。同年8月17日，海岛中心正式获中央编办批准设立。10月，原国家海洋局与福建省政府签订了《关于建设国家海洋局海岛研究中心的协议》，海岛中心建设与发展步入正轨。

海岛中心位于福建省平潭综合实验区海坛岛东南部，坛南湾田美澳沙滩北侧，总体规划用地面积为7.3万平方米（约109.5亩），规划总建筑面积为6.87万平方米，依托平潭综合实验区独特的区位优势，在自然资源部和福建省人民政府的大力支持下，力争建成集科学研究、生态保护、国际交流、科普教育为一体的科研业务基地。

海岛中心现设有办公室（财务资产处）、组织人事处（纪委办公室）、政策规划与国际合作处、调查登记与监测评估处、保护修复与防灾减灾处5个部门。主要职责是：

（一）承担全国无居民海岛保护利用管理业务支撑。承担用岛项目的技术审查、使用金评估与开发利用后评估工作。承担特殊用途海岛保护管理的技术指导、数据汇总与评估。

（二）承担海岛保护利用战略规划、法律法规、政策制度、标准规范的研究工作。

（三）承担全国海岛资源生态调查监测评估的业务组织与质量管理工作，承担国家海岛管理数据库的建设与运行。

（四）承担全国无居民海岛自然资源确权登记业务支撑及相关成果变更、更新等工作。

（五）承担海岛生态系统和生物多样性保护修复技术支撑，开展海岛海岸带生态状况与保护修复效果评估。承担全国海岛物种登记和典型物种种质资源库、标本库的建设与运行。

（六）承担海岛海岸带应对气候变化与防灾减灾技术支撑。开展海岛海岸带生态产品价值实现、生态补偿机制研究。

（七）承担海岛地区社会经济发展监测评估与咨询服务，编制发布全国海岛可持续发展报告。承担全国海岛联席会议组织协调工作。

（八）开展海岛领域相关国际交流与合作。承办中国-岛屿国家海洋高层论坛及相关工作，推动构建海岛蓝色伙伴关系。承担全球海岛治理相关信息的研究分析与决策支撑。承担海岛科学研究工作和科技创新平台建设。

（九）承办部交办的其他任务。